Obciążenie chemiczne i choroby autoimmunologiczne często chodzą ze sobą w parze. Dobrym przykładem jest rola, jaką kontakt z substancjami toksycznymi i alergie odgrywają w rozwoju reumatyzmu. Badania, w których pacjenci mieli kontakt z różnymi zanieczyszczeniami, takimi jak gaz ziemny, spaliny, lakier do włosów, insektycydy i dym nikotynowy, wykazały wyraźny związek pomiędzy skażeniem organizmu a pogorszeniem stanu zdrowia.
Podobnie istnieją solidne dowody, wskazujące, że stan pacjentów chorych na toczeń rumieniowaty układowy (TRU) pogarsza się pod wpływem fluoru. Jest to choroba tkanki łącznej, a około 30% tkanki łącznej to kolagen. Fluor zatrzymuje syntezę kolagenu i uszkadza go w skórze, mięśniach, ścięgnach, wiązadłach, kościach, płucach, nerkach, chrząstkach i innych częściach ciała.
Podczas gdy zawsze uważaliśmy, że jedyną przyczyną cukrzycy, kolejnej choroby autoimmunologicznej, jest dieta, okazuje się, że niekoniecznie tak jest. Istnieją dowody, że kontakt z pestycydami w okresie ciąży może zwiększyć ryzyko zachorowania dziecka na cukrzycę typu I. Odkrycia te uświadomiły też, że kontakt z innymi środkami chemicznymi może przyczyniać się do rozwoju zarówno cukrzycy dziecięcej, jak i innych odmian tej choroby, które pojawiają się w późniejszym wieku. Najnowsze zaś odkrycie dotyczy zwiększonego ryzyka zachorowania na cukrzycę z powodu kontaktu z małym ilościami bisfenolu A. Ten syntetyczny plastyfikator stosowany jest w plombach dentystycznych, twardych tworzywach do mikrofalówek, powierzchniach metalowych pojemników na żywność i napoje, butelkach dla niemowląt – to zaledwie kilka przykładów. Bisfenol A przenika z tych produktów do pożywienia i wody, nic więc dziwnego, że często występuje w ludzkiej krwi. U zwierząt wielokrotny wielodniowy kontakt z tą substancją wywoływał insulinoodporność, stan przedcukrzycowy, w którym komórki tracą wrażliwość na prawidłowy poziom insuliny.